Es Villa Hayes, la puerta del árido y polvoriento chaco paraguayo, la inmensa región de mediana vegetación y siempre caluroso clima. Pero la Ciudad está ubicada en la zona denominada “bajo chaco” que es una región más bien húmeda, por los promedios de precipitaciones y por las dispersiones fluviales que dispone.
El casco urbano de la Ciudad de Villa Hayes está rodeado de ríos. El villahayense siempre fue y es un habitante de orillas, convive con el agua, el poblador de Villa Hayes tiene en su retina el sol de la aurora reflejado en el río, o la luna blanca proyectada viboreando en el cauce. Los ríos constituyen un georecurso esencial en la dinámica existencial de la comunidad.
El principal curso hídrico es el río Paraguay, que es uno de los principales ríos de América del Sur, nace en Brasil, discurre brevemente por Bolivia, cruza Paraguay de punta a punta y es la principal arteria fluvial de la región, en especial, de Paraguay. Su cuenca, que tiene una superficie de 1.168.540 km², está entre las 20 mayores de la Tierra. Tiene una longitud total de 2625 km, que lo sitúan también entre los 40 ríos más largos del mundo. Al topar con la Ciudad, en el lado occidental del río Paraguay, éste forma un recodo y se ensancha, dando magnificencia a su cauce.
En el lado Norte de la Ciudad, se encuentra el río Verde, que desemboca en el cauce hídrico principal que es el río Paraguay. El río Verde tiene una longitud total de 275 kms. adentrando en el corazón del Chaco Boreal paraguayo, sin mucha profundida, ni anchura, contituye un afluente de exquisita y abundante biodiversidad en todo su trayecto. Sus aguas es de un color oscuro hasta verdoso, por la interacción con la flora y no es apto para consumo humano.
Al Sur, está el zigzageante río Confuso, con desembocadura en el río Paraguay, formándose así juntos a los ríos Paraguay y Verde, una forma de “U” hídrico, envolviendo la Ciudad. El naciente del río Confuso se encuentra en el estero Patiño y tiene un recorrido de aproximadamente 150 kilómetros, y no es navegable por embarcaciones medianas ni grandes.
Estos ríos anualmente se desborda, creando humedales temporales, que constituyen el riego natural de las zonas afectadas. Dando vida a la flora y fauna de gran parte del bajo chaco paraguayo.
